Sisto IV era o Papa quando a Inquisição foi instalada em Sevilha, no ano de 1478. Ele foi contra, devido aos abusos perpetrados, porém foi forçado a concordar quando o Rei Fernando II de Aragão ameaçou negar apoio militar à Santa Sé. O Papa não desejava a Inquisição instalada na Espanha, porém Fernando insistiu.
Ele persuadiu a Rodrigo Bórgia, então bispo de Valência e que se tornaria mais tarde o Papa Alexandre VI, a exercer influência através de um grupo em Roma junto ao Papa Sisto IV. Assim, Bórgia teve êxito com a instalação da Inquisição em Castela. Mais tarde, Bórgia teve o apoio espanhol ao seu papado ao suceder Sisto IV.
Fernando obteve assim o que desejava, controlar sozinho a Inquisição espanhola. Fernando e Isabel começaram a investigar e punir os conversos, judeus e mouros pretensamente convertidos ao Catolicismo, mas que continuavam a praticar suas antigas religiões em segredo. Alguns judeus disfarçados tornaram-se padres e mesmo bispos.
Os detratores chamavam os judeus convertidos de marranos, uma expressão pejorativa que significa porcos. Entre os anos 1486 e 1492, 25 autos-de-fé ocorreram em Toledo. Um total de 464 autos-de-fé contra judeus foi instaurado entre 1481 e 1826.
A pena mais leve imposta aos marranos era o confisco dos seus bens. A mais comum era serem obrigados a desfilar pelas ruas vestidos apenas com um "sambenito", traje que definia sua condição de hereges, e flagelados à porta da Igreja. A etapa seguinte era a morte na fogueira após inomináveis torturas.
Os reis católicos, Isabel e Fernando, precisavam de fundos para o reino e a perseguição movida aos hereges por Torquemada era uma fonte de renda que interessava ao Estado. Isabel e Fernando auto intitulavam-se "protetores da Igreja e defensores da fé".
A Inquisição, como uma corte religiosa, era operada por autoridades da Igreja. Porém se uma pessoa fosse considerada herege, a punição era entregue às autoridades seculares, pois a Igreja não derramava sangue. A tortura frequentemente era usada como modo de penitência.
A mais comum punição era a vergonha pública, obrigar o uso do sambenito: a roupa de penitente, ou usar máscaras de metal com formas de burro e mordaças. Ser queimado em praça pública destinava-se aos crimes mais graves. A morte pelo garrote, ou estrangulamento, era usada para os arrependidos.
Essas punições eram feitas em cerimônias públicas, os autos-de-fé. Algumas pessoas acusavam outras por vingança ou para obter recompensas da Coroa. A própria Coroa Espanhola beneficiava-se ao desapropriar os bens dos conversos. O número de autos-de-fé durante o mandato de Torquemada como inquisidor é muito controverso, mas o número mais aceito é de 2.000 vítimas.
Torquemada, no afã de obter dos reis a expulsão definitiva de todos os judeus, promoveu em 1490 um "julgamento-espetáculo", onde as vítimas foram oito judeus acusados de praticar rituais satânicos de crucificação de crianças Cristãs.
Em 31 de março de 1492, pressionados pelo clima de crescente de intolerância, Fernando e Isabel publicaram seu Edito de Expulsão: "Decidimos ordenar a todos os ditos judeus, homens e mulheres, que deixem nossos reinos e jamais retornem a eles."
Foi concedido aos judeus que permanecessem na Espanha até julho, mas a partir daí os que fossem encontrados seriam mortos. Muitos fugiram para Portugal ou para o norte da África, onde enfrentaram mais perseguições. Outros, sem alternativa, permaneceram na Espanha como "judeus ocultos".
A ação intolerante de Torquemada trouxe-lhe forte oposição. Reclamações chegaram ao Papa Alexandre VI, que nomeou quatro adjuntos com iguais poderes visando limitar sua ação.
Em 1484, o Papa redigiu uma instrução, um livreto, que propunha normas e procedimentos para os processos inquisitoriais, inspirando-se em medidas já usuais na Idade Média. Foi publicada uma atualização em 1490 e uma outra em 1498.
O mito da Inquisição, que os espanhóis chamam de "a lenda negra", não surgiu em 1480. Começou quase um século mais tarde e exatamente um ano depois que os países protestantes que integravam o Sacro Império Romano-Germânico, fossem derrotados na batalha de Mühlberg pelos Católicos liderados por Carlos V Rei da Espanha.
A Inquisição foi aplicada contra os primeiros focos do protestantismo, contra a disseminação das idéias de Erasmo de Roterdão, contra o Iluminismo e, no século XVIII, contra o enciclopedismo.
Em 1567, uma campanha de propaganda feroz começou com a publicação de um folheto protestante, escrito por uma suposta vítima da Inquisição chamada Montanus. Este protestante retratava os espanhóis como bárbaros que violavam mulheres e sodomizavam meninos jovens.
Os propagandistas logo criaram a alcunha "demônios de capuz", que torturavam suas vítimas em dispositivos horríveis, cheios de facas, o que nunca foi usado na Espanha.
Apesar das ações das outras inquisições europeias contra a bruxaria, as bruxas não eram o principal foco da Inquisição espanhola. As acusadas de bruxaria eram normalmente qualificadas como loucas.
Durante o governo de Napoleão Bonaparte a Inquisição foi suspensa na Espanha, porém foi reinstalada quando Fernando VII de Espanha subiu ao trono. O professor Cayetano Ripoli, garroteado em Valência em 1826, foi a última vítima da Inquisição espanhola, que em 1834 foi finalmente abolida.
Os historiadores declararam como fraudulento um suposto documento sobre a Inquisição alegando o genocídio de milhões de hereges, e este mito foi desmascarado pelas provas existentes nos arquivos da Igreja. O que foi comprovado é que por volta de 4.000 pessoas morreram durante a Inquisição nos 350 anos de sua história.
As 3.000 a 5.000 execuções documentadas da Inquisição são pálidas se comparadas com as de 200.000 bruxas queimadas em outros lugares na Europa ao longo dos mesmos séculos, ou as 150 milhões de vítimas do comunismo séculos mais tarde.
A Inquisição espanhola, tida como a mais cruel e violenta, teve sua imagem distorcida por protestantes que queriam minar o poder da maior potência mundial na época, a Espanha.
Cada processo inquisitorial ocorrido foi registrado individualmente pela Igreja durante os 350 anos em que essa Inquisição esteve ativa, mas somente agora esses registros estão sendo reunidos e analisados adequadamente.
Apesar da reputação sangrenta da Inquisição espanhola, que existiu formalmente durante este período infeliz, talvez até 2000 pessoas tenham sido queimadas como hereges. Embora esse número seja apenas uma pequena fração do que a "lenda negra" (black legend) rotineiramente alega, no entanto é preocupante o suficiente.
Quase todos os executados eram conversos ou novos-Cristãos. Conversos significava "professos do judaísmo", ou aqueles que foram condenados por praticar secretamente sua religião anterior.
Deve-se ter em mente que a Inquisição, como um Tribunal da Igreja, não tinha nenhuma jurisdição sobre mouros e judeus como tal. Mas, ironicamente, uma vez que tais pessoas aceitassem o Batismo, tornavam-se sujeitas à heresia, no sentido técnico da palavra.
Assim, a selvageria do início da Inquisição espanhola contribuiu para mais um capítulo na triste história do anti-semitismo, motivada nesta ocasião mais por oportunismo político-religioso do que por ódio racial. De qualquer forma, foi um enorme e imperdoável erro de cálculo, um crime contra a humanidade e um pecado contra Deus.